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Description du poste

Environnement

L'activité s'exercera à l'URGI ( http://urgi.versailles.inra.fr ), Unité de Recherche en Génomique-Info (21 bioinformaticiens dont 16 permanents INRAE) dédiée à la génomique et à la génétique des plantes et de ses bio-agresseurs. Son activité de recherche porte sur la structure et la dynamique des génomes. L’unité héberge une plate-forme bioinformatique appartenant au réseau IFB (Institut Français de Bioinformatique).

Contexte scientifique

La personne recrutée interviendra dans le cadre d’un projet visant à caractériser l’état de stress d’une plante par l’étude de l’expression des éléments transposables (TE). Ce projet étudie la faisabilité de mesurer l’état physiologique d’une plante soumise à différentes contraintes abiotiques, par le biais de l’activation de TE sur 3 cultures (Pommier, Vigne et blé) via des analyses de microarrays.

Environnement et missions

La personne recrutée travaillera au sein de l’équipe « Analyse des génomes » en interaction avec l’équipe « Système d’information et intégration de données ».

Elle aura pour mission :

• De participer au développement d’un entrepôt de données implémenté sur le modèle Intermine (GMOD) comprenant une partie interface web et une partie base de données.
• D’intégrer les données issues du projet.

Compétences

• Expérience en génomique.
• Maitrise de l’environnement Unix.
• Expérience en développement (Java/javascript, XML, HTML, Python) et base de données (PostgreSQL).
• Une pratique des outils GMOD (Intermine, JBrowse) serait un plus.
• Travail en équipe.
• Maîtrise de l’anglais technique du domaine.

Formation recommandée : Ecole d’ingénieur, Master2 bioinformatique.

Candidature

Date limite de candidature : 31/03/2020 pour un recrutement le 4/05/2020

Envoyer un CV et une lettre de motivation (format PDF) à : Nathalie Choisne nathalie.choisne@inrae.fr