Poste d'ingénieur DevOps en analyses reproductibles ouvert en concours externe

Important : ce poste est bi-localisé à Versailles ou Toulouse en fonction du souhait du candidat

INRAE-URGI

Vous souhaitez travailler au cœur de la recherche scientifique pour relever les défis liés à l'agroécologie et l'alimentation soutenable.
En travaillant chez nous, vous contribuerez à des projets stimulants, en lien direct avec les enjeux cruciaux de notre époque.

INRAE est un employeur qui valorise la diversité et qui est attentif à la qualité de vie au travail. Nous encourageons les candidatures de personnes de tous horizons et de toutes origines.

Vos missions à l'URGI pourront être exercées sur le site de Versailles ou celui de Toulouse et vous pourrez bénéficier de télétravail jusqu'à 144 jours dans l'année. L'unité accueille la plateforme de bio-informatique PlantBioinfoPF d'envergure internationale à laquelle vous appartiendrez. Cette plateforme centralise, intègre et analyse les données génomiques et génétiques des plantes d'intérêt agronomique via l'exploitation du système d'information GnpIS, elle assure le développement et l'exploitation de portails de données internationaux (WheatIS, FAIDARE) et nationaux (RARe), ainsi que l'annotation standardisée et haut débit des éléments répétés dans les génomes.

Activités

Vous contribuerez à maintenir et développer des environnements d'analyses reproductibles sur l'annotation des éléments mobiles dans les génomes.

Vous travaillerez à :

- la simplification et portage des outils développés dans des frameworks type Snakemake,
- leur portabilité par le biais de la virtualisation ou la containérisation des pipelines,
- leur optimisation via l'exploitation de méthodes de calcul haute performance (cluster)

Vos développements s'inscriront dans le cadre de l'analyse de pangénomes qui est permise par la disponibilité grandissante des génomes correctement assemblés dans des régions très répétées. 
Votre profil DevOps vous permettra de développer et administrer les pipelines d'analyse et les portails de données de la plateforme PlantBioinfoPF.

La candidature s'effectue par ce lien ( https://jobs.inrae.fr/concours/concours-externes-ingenieurs-cadres-techniciens-h-f/ie24-bap-3 ), rendez-vous en bas de la page pour télécharger le guide d'inscription et avoir accès à l'interface d'inscription.

La date limite de candidature est le 22 mars 2024.

Vous pouvez contacter pour plus de détails :

• Michael ALAUX 01 30 83 34 23    michael.alaux@inrae.fr
• Anne-Françoise ADAM-BLONDON 01 30 83 37 49    anne-francoise.adam-blondon@inrae.fr