Hackathon Report: BioCypher and BioChatter for Plant Data Integration

  Versailles, France - 19 November 2024

French version below

The hackathon ‘LLM and Knowledge Graphs: BioChatter and BioCypher for Plant Use Cases’ was held from 12 to 15 November 2024 at the INRAE centre in Versailles. Organised by the ELIXIR Plant community (Cyril Pommier, Sebastian Beier and Pedro Barros), this event brought together around twenty researchers and engineers from several European countries and Japan to explore artificial intelligence solutions for data integration and user-friendly interfaces.

Results

Several use cases were explored, in particular the integration of phenotypic data with plant genetic resources and pedigree information using existing standards (Breeding API, MIAPPE PPEO ontology) or data from research projects (on wheat). The participants also formulated specific scientific questions to test and validate the implementations. 

Conclusion

This hackathon not only enabled advanced artificial intelligence solutions to be understood and disseminated, but also strengthened international collaboration and knowledge sharing. The results pave the way for new possibilities for integrating and analysing plant data, making this information more accessible and exploitable for researchers.For more information, the full report will be published under BioHackrXiv in early 2025. We would like to thank all the participants and organisers for their valuable contribution to this rewarding event, in particular Sébastian Lobentanzer for his guidance on BioCypher and BioChatter!

Acknowledgements

This event was financially supported by ELIXIR staff exchange scheme, ELIXIR-de and Joint Linkage Call NARO-INRAE. It received logistical support from INRAE URGI.

Bilan du Hackathon : BioCypher et BioChatter pour l'Intégration des Données de Plantes
  Versailles, France – 19 novembre 2024
Le hackathon "LLM et Graphes de Connaissances : BioChatter et BioCypher pour les Cas d'Utilisation des Plantes" s'est tenu du 12 au 15 novembre 2024 sur le centre INRAE de Versailles. Organisé par la communauté ELIXIR Plants (Cyril Pommier, Sebastian Beier et Pedro Barros), cet événement a rassemblé une vingtaine de chercheurs et ingénieurs de plusieurs pays européens et japonais pour explorer des solutions d'intelligence artificielle en matière d'intégration de données et d'interfaces utilisateur conviviales.

Résultats

Plusieurs cas d'utilisation ont été explorés, notamment l'intégration des données phénotypiques avec les ressources génétiques des plantes et les informations sur les pedigrees en s'appuyant sur des standards existants (Breeding API, ontologie MIAPPE PPEO) ou sur des données issues de projets de recherche (sur le blé). Les participants ont également formulé des questions scientifiques spécifiques pour tester et valider les implémentations.

Conclusion

Ce hackathon a non seulement permis de comprendre et disséminer des solutions d'intelligence artificielle avancées, mais a également renforcé la collaboration internationale et le partage de connaissances. Les résultats obtenus ouvrent la voie à de nouvelles possibilités pour l'intégration et l'analyse des données de plantes, rendant ces informations plus accessibles et exploitables pour les chercheurs.Pour plus d'informations, le rapport complet sera publié sous BioHackrXiv début 2025. Nous remercions tous les participants et organisateurs pour leur contribution précieuse à cet événement enrichissant, en particulier Sébastian Lobentanzer pour son accompagnement sur BioCypher et BioChatter !

Remerciements

Cet événement a reçu le soutient financier d'ELIXIR staff exchange scheme, ELIXIR-de et Joint Linkage Call NARO-INRAE. Il a reçu le soutient logistique d'INRAE URGI.