Stage M2 Développement de workflow ETL et d’interfaces web pour le portail de données plantes FAIDARE.

L'URGI est une unité de recherche INRAE dédiée aux plantes. Elle héberge une plateforme de bio-informatique dont l'une des activités majeures est d'assurer, en suivant les principes FAIR, le partage, la standardisation et la structuration des données de recherche de projets nationaux et internationaux. Le partage des données passe, entre autres, par l’utilisation de portails de données, dont en particulier le portail FAIDARE (https://urgi.versailles.inrae.fr/faidare/) qui est développé à l’URGI. Il s’agit d’un portail de recherche de données scientifiques indexant plus de 30 bases de données internationales à ce jour. Divers supports de formation1,2 donnent un aperçu de ses fonctionnalités. Ce logiciel sera l’objet de ce stage, son architecture repose sur : une base de données NoSQL Elasticsearch, alimentée avec des JSON compatibles avec la BreedingAPI (www.brapi.org) via un ETL en python3 et des scripts de chargements en bash. L’interface de requêtage4 repose sur un backend Java + Spring Boot et un frontend en Angular, communiquant par web services REST.

La personne recrutée pour ce stage participera à la mise à niveau vers la BrAPIV2 de  l’application, la mise en place de fonctionnalités d’export de données, l’amélioration du workflow d’ETL, et éventuellement l’ajout de fonctionnalités de recherche utilisant des alignements d’ontologies5. Elle sera intégrée à une équipe de développement de cinq personnes travaillant sur des projets parallèles. Elle sera encadrée en suivant les méthodologies agiles afin de lui permettre de prendre en main les technologies et l’architecture dans de bonnes conditions.

1 https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/638/course/section/118/Module6.2_FAIDARE- overview.pptx?time=1686776684906
2 https://hal.inrae.fr/hal-03851454
3 https://github.com/elixir-europe/plant-brapi-etl-faidare

4 https://github.com/elixir-europe/plant-faidare

5 https://doi.org/10.57745/ZLJYQO