Description: The Minimal Information About Plant Phenotyping Experiment (MIAPPE, www.miappe.org) standard has been designed by ELIXIR, EMPHASIS and Bioversity international to guide plant scientist in the management of experimental data. Furthermore, since genetic studies relies on the integration and the linking between phenotype and genotype datasets, relevant section of MIAPPE are beginning to be used for genotyping standards. This formation will cover a general introduction of the MIAPPE principles and some examples to illustrate different use cases on the usage of MIAPPE for plant phenotyping data standardization.
Topics: topic_3572 : Data quality management, topic_0219 : Data curation and archival, topic_3298 : Phenomics, topic_0780 : Plant biology, topic_0625 : Genotype and phenotype
Learning outcomes:
Keywords: Données
Prerequisites: none
Contacts: Cyril Pommier, Célia Michotey
Sponsored By: No sponsor
Organised By Organisations: URGI - US1164, INRAE
Training Materials: Plant Data Managment for Phenotyping Experiments - MIAPPE https://hal.inrae.fr/hal-03102944
Events: Training Workshop on Phenotyping Data Management - 2020 MIAPPE 2020 (2020-02-12 to 2020-02-13), Webinar on Plant Data Management - 2020 MIAPPE 2020 (2020-12-17 to 2020-12-17), Webinar on Plant Data Management - 2021 MIAPPE 2020 (2021-04-02 to 2021-04-02), Training Plant Data Management - 2021 MIAPPE 2021 (2021-09-23 to 2021-09-23)
Description: Datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform, and submission workflow using curation & validation tools.
Topics: topic_3572 : Data quality management, topic_3365 : Data architecture, analysis and design, topic_0780 : Plant biology, topic_0091 : Bioinformatics, topic_3571 : Data governance, topic_0625 : Genotype and phenotype, topic_3366 : Data integration and warehousing
Learning outcomes:
Keywords: Données
Prerequisites: Attendees will bring their own data
Contacts: Cyril Pommier, Michael Alaux
Sponsored By: H2020-AGENT https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/H2020-AGENT/
Organised By Organisations: INRAE, URGI - US1164
Training Materials:
Events: H2020-AGENT Datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform - 2022 FAIRDOM 2022 (2022-04-11 to 2022-04-13), Datathon AGENT - 2021 FAIRDOM 2021 (2021-04-23 to 2021-04-30)
Description: Cette formation donnera un aperçu des pratiques et méthodes actuelles pour la standardisation des données de phénotypage des plantes, et ce de manière de traiter la variabilité et l'hétérogénéité inhérentes aux jeux de données de recherche et de sélection. Le but de cette formation est double : 1) diffuser les bonnes pratiques pour une gestion FAIR des données de phénotypage de plantes, 2) consolider une formation modulaire adaptée à un maximum de besoins, du débutant qui souhaite partager des données standardisées dans Recherche Data Gouv, à l'utilisateur avancé qui souhaite faire de la sémantique ou utiliser des portails de données fédérés. La formation se déroulera avec une alternance de présentations générales et techniques et d'ateliers pratiques.
Topics: topic_3572 : Data quality management, topic_0219 : Data curation and archival, topic_0780 : Plant biology, topic_3571 : Data governance, topic_0625 : Genotype and phenotype
Learning outcomes: A l'issue de cette formation, les participants auront acquis des connaissances théoriques et pratiques sur : * la gestion des données de phénotypage des plantes selon les principes FAIR * l'utilisation des standards de (méta)données des communautés végétales * la standardisation d'un jeu de données au format MIAPPE * l'identification des moyens à mettre en oeuvre pour améliorer la gestion de leurs données
Keywords: Données
Prerequisites: none
Contacts: Célia Michotey, Cyril Pommier
Sponsored By: No sponsor
Organised By Organisations: INRAE, URGI - US1164
Training Materials:
Events: Gestion de données de phénotypage de plantes - 2023 FAIR Data Pheno 2023 (2023-06-15 to 2023-06-16), No event
Description: Processus et outils mis en place dans le cadre des projets AgroDiv et BReIF pour soumettre des données dans les archives EMBL-EBI associées à des descriptions riches des échantillons séquencés dans BioSamples.
Topics: topic_3366 : Data integration and warehousing, topic_0219 : Data curation and archival, topic_0780 : Plant biology, topic_0091 : Bioinformatics, topic_0625 : Genotype and phenotype
Learning outcomes:
Keywords: Données
Prerequisites: none
Contacts: Vanita Haurheeram, Anne-Françoise Adam-Blondon
Sponsored By: BReIF https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/BReIF/
Organised By Organisations: INRAE, URGI - US1164
Training Materials: Data-brokering script https://forgemia.inra.fr/urgi-is/data-brokering
Events: Soumission de données et métadonnées à EMBL-EBI - 2024 FAIR Data Geno 2024 (2024-05-22 to 2024-05-22), Soumission de données et métadonnées à BioSample et ENA - 2025 FAIR Data EBI 2025 (2025-11-06 to 2025-11-06)
Description: The WheatIS project aims at building an International Wheat Information System to support the wheat research community. The main objective is to provide a single-access web base system to access to the available data resources and bioinformatics tools. The project is endorsed by the Wheat Initiative. The WheatIS data discovery tool allows to search data in all the wheat resources around the world. This training will describe how to use the tool, what data are available, how to join, etc.
Topics: topic_3489 : Database management, topic_3366 : Data integration and warehousing, topic_0780 : Plant biology, topic_0091 : Bioinformatics, topic_0625 : Genotype and phenotype
Learning outcomes:
Keywords: Données
Prerequisites:
Contacts: Michael Alaux, Raphaël Flores
Sponsored By: Wheat Initiative https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Wheat%20Initiative/
Organised By Organisations: INRAE, URGI - US1164
Training Materials:
Events: WheatIS data discovery - 2020 WheatIS Search 2020 (2020-02-25 to 2020-02-25), WheatIS data discovery - AgBioData WheatIS Search AgBioData (2020-10-07 to 2020-10-07)
Description: How to use REPET for de novo TE annotation
Topics: topic_0780 : Plant biology, topic_0091 : Bioinformatics, topic_0798 : Mobile genetic elements
Learning outcomes:
Keywords:
Prerequisites: none
Contacts: Johann Confais
Sponsored By: No sponsor
Organised By Organisations: INRAE, URGI - US1164
Training Materials:
Events: